Az új pápa megválasztásáról döntő konklávé a Michelangelo freskóival díszített Sixtusi kápolnában ül össze. A 117 tagú bíborosi testület tagjai szavazócédulákkal döntenek az új pápa személyéről. A leghosszabb konlávé három évig tartott (1268 és 1271 között), de sokszor csupán egyetlen napra volt szükség az új pápa megválasztására. Amikor II. János Pált 1978-ban pápává választották, még három napra sem volt szükség a döntéshez.
Ha a konklávé megkezdődik, a bíborosok nem hagyhatják el a Vatikánt, míg meg nem választják az új pápát. A szavazásokat a Sixtusi kápolnában tartják, közben a vatikáni Casa Santa Marta hotelben laknak. A bíborosok szigorú elzártságban döntenek: nem hagyhatják el a Vatikánt, és semmiféle hír sem juthat be hozzájuk, míg a döntés meg nem születik.
A Sixtusi kápolna
A közhiedelemmel ellentétben meglepően kevés feltételnek kell megfelelnie a jelölteknek: a konklávé elvileg az összes felnőtt és megkeresztelt férfi közül választhat. Az utóbbi századokban rendszerint a bíborosi konklávé tagjai közül került ki az új egyházfő. A pápaválasztásra jogosult konklávé a 80 év alatti bíborosokból áll.
Az első nap kivételével, amikor csak egyetlen szavazást tartanak, a bíborosok naponta kétszer szavaznak. Az a jelölt lesz a pápa, aki a szavazatok kétharmadát plusz egy szavazatot kap. A konklávé tagjai egy hatalmas aranykehelybe dobják szavazócéduláikat, melyeken ez a latin mondat olvasható: Eligo in Summum Pontificem, azaz "Legfőbb pápának választom".
Ha egyetlen jelölt sem kapja meg a szükséges többséget, a szavazócédulákat és az összesítő íveket kályhába teszik, és fekete füstöt produkáló adalékanyaggal elégetik. Ha sikerül pápát választani, fehér füstöt adó adalékanyag kerül a cédulák mellé. A füstöt a Sixtusi kápolna tetején vezetik ki, így a Szent Péter téren összegyűltek és világ minden egyes szavazás után értesülhet róla, sikerült-e pápát választani vagy sem.
Ha három napig nem sikerül döntést hozni, a szavazást egy napra felfüggesztik, amelyen a bíborosok imádkoznak és tanácskoznak. (Utóbbi egyébként tilos, de magánbeszélgetések természetesen előfordulnak). Ezután további hét szavazásig folytatódik a konklávé. Ha még ezután sincs eredmény, újabb egynapos szünetet iktatnak be, amelyet újabb hét szavazás követ. Amennyiben ezt követően sincs döntés, a tagok egyhangú egyetértésével a konklávé felfüggesztheti a kétharmad plusz egy szavazat szabályát, és abszolút többséggel (a szavazatok fele plusz egy szavazat) dönthet az új pápáról.
Sikeres szavazás után a konklávé megkérdezi az új pápát, vállalja-e a tisztséget, és milyen néven kíván trónra lépni. Ezután a rangidős bíboros kilép a Szent Péter székesegyháznak a térre néző erkélyére, és latinul bejelenti: "Annuntio vobis gaudium magnum. Habemus Papam. (Nagy örömöt jelentek be nektek. Van pápánk.)
Majd az új pápa lép az erkélyre, hogy elmondja első egyházfői üdvözletét, és megáldja a Szent Péter téren összegyűlt tömeget. Néhány nappal később az új pápa misét celebrál, ezzel kezdődik el szolgálata.