Az Iseum felfedezése egy véletlennek volt köszönhető, amikor is 1955–ben a Vas – és Műszaki Kereskedelmi Vállalat raktárának bővítését határozták el. Az alapot kiásó munkások találtak néhány faragott márványkövet, és ők értesítették az illetékes múzeumot. A Veszprémi Múzeum akkori igazgatójának, Szentléleky Tihamérnek az irányítása alatt kezdődött meg az a többéves ásatás, mely végül Pannónia ma ismert legteljesebb római templomát és szentkerületét tárta fel 1955 és 1963 között. A megtalált márványfaragványok közül az egyiken a kutyán ülő / lovagló Isis alakját fedezték fel, aki a Nílus áradását jelző Síriust, azaz egyiptomi nevén Sothist személyesíti meg, s akinek történetét az antik irodalomban az a Dio Cassius írta le, aki egy rövid ideig helytartó volt Savariában.

E faragvány alapján a régészek már szinte biztosan tudták, hogy a közelben lennie kell egy Isis – szentélynek, s ettől kezdve ennek tudatában folytak az ásatások, valamint 1961–től Hajnóczy Gyula professzor tervei alapján a rekonstrukciós munkák.

Az Iseumhoz a szertartások teréül szolgáló udvarok, az ún. szentkerület és az ahhoz csatlakozó lakóépítmények tartoztak. Két részre oszlott, egy belső és egy külső udvarra. A külső udvart az út felé hosszában húzódó hatalmas épület határolta. A helyiségek öntött és tégla padozatai fennmaradtak. A megnagyobbított épületet belülről pillérsor tagolta. A szentkerület középtengelyében díszes oszlopcsarnokos porticus állott, előtte lépcsős lejáró volt. Hatalmas méretű oszlopai az évezredek folyamán is fennmaradtak. Egy teljes oszlop még a helyszínen – in situ – összetört állapotban, bolygatatlanul feküdt. A hat méter hosszú gránittörzs profilos fehér márvány oszloptalapzaton állott. Az ásatások során került elő az 5 x 5 méteres oltár és maga a kultusztér, a szertartások végzésére alkalmas szintekkel. A  nagyjából kelet-nyugat tájolású, hatalmas, 42 x 70 méteres szentélyegyüttes közvetlenül a Borostyán út városba bevezető szakasza mellett feküdt. A szentély a város ma még feltáratlan foruma és a késő római helytartói palota mellett a római város legnagyobb épületegyüttesének számít. A templom épületegyüttese Pannoniában példátlan nagyságú, és méretei a római birodalom más császárkori Iseumaival összevetve is jelentősnek számítanak. A szombathelyi építmény méretei alig maradtak el a Rómában egykor állt főtemplométól.