Az Alapítvány ezért a felsőoktatási ösztöndíj mellett meghirdette a Mindszenty Köznevelési Ösztöndíjat is. Erre az a tanuló pályázhat, aki 10-23 év közötti, általános iskolában vagy középiskolában nappali rendszerű oktatásban tanul, családjában az egy főre jutó nettó jövedelem 60.000 Ft alatti, a családi pótlékot is beleértve, akinek a tanulmányi átlageredménye a pályázat benyújtását megelőző tanévben elérte a 3,5-es átlagot a magatartás és szorgalom értékelését is figyelembe véve, a tanuló a Szombathelyi Egyházmegye területén állandó lakcímmel rendelkezik, akinek a tanulmányaihoz szükséges anyagiak nem állnak a rendelkezésére. Az ösztöndíj fordítható tankönyvekre, a tanuláshoz szükséges más eszközökre, útiköltségre, étkezési díjra, otthoni rezsiköltségre. A megpályázható támogatás összege minimum 5.000, maximum 20.000 Ft/fő/ hónap, melyről a kuratórium dönt.