Székely János 1964. június 7-én született Budapesten. Az érettségi után az Esztergomi Hittudományi Főiskola, majd Budapesten a Pázmány Péter Hittudományi Akadémia hallgatója, majd 1987 és 1991 között a Cremisan-Betlehem-i Saint Paul’s Theological College növendéke. 1995-ben licenciátusi fokozatot szerzett Rómában a Pápai Biblikus Intézetben, majd elkezdte a doktori kurzust. 1997-ben szerzett PhD fokozatot a Pázmány Péter Katolikus Egyetem Hittudományi Karán.
1991-ben szentelték diakónussá Jeruzsálemben, majd ugyanebben az évben részesült a papszentelésben. 1991 és 1993 között káplán Érsekvadkerten. Római tanulmányai után 1996 és 1998 között Budapesten a Rózsák terén plébános helyettes. 1998 és 2001 között plébános Budapest Széphalmon, 1999-től Hidegkúton is. 2001 és 2005 között spirituális a budapesti Központi Papnevelő Intézetben. 2005 és 2006 között a budapesti Örökimádás templom igazgatója. 2006 és 2007 között plébános Esztergomban a Szent Anna plébánián. 2006-tól az Esztergomi Hittudományi Főiskola rektora. 2007. november 14-től az Esztergom-Budapesti Főegyházmegye segédpüspöke. Püspökké szentelése 2008. január 5-én volt Esztergomban.
A Magyar Katolikus Püspöki Konferencia Cigánypasztorációs Bizottságának vezetője, a Caritas in Veritate Bizottság elnöke, valamint tagja az Oktatási, a Hivatásgondozó és a Felnőttképzési Bizottságnak. 2010-től a Magyarországi Keresztények és Zsidók Tanácsának elnöke.
